36協定の本社一括届
A.本社と各事業場について、36協定の内容が同一であれば可能です。
36協定の内容が本社と同一であれば、本社と各事業場の36協定を一括して届け出ることができます。電子申請であれば簡便でしょう。ただし、労働基準監督署への「36協定届」は一括できますが、各事業場で保存する「36協定書」は今まで通り各事業場で締結しなければなりません。一方、書面で提出する場合には本社を所轄する労働基準監督署の「配送作業室」に各事業場の36協定届を全て提出しなければならないので、一括届出のメリットはあまり感じられません。
一括届出の要件として、次の5つのことが求められます。
①本社代表者と労働組合本部の長が締結した協定であること
②労働組合が事業場毎に過半数労働者を組織していること
③36協定の内容（協定当事者を含む）が同一であること（労働保険番号、事業の種類、事業の名称、
事業の所在地、労働者数、協定の成立年月日、を除く）
④事業場の一覧表を提出すること
⑤一覧表等に「協定内容が同一」、「事業場毎に過半数労働者を組織する労働組合」であることを明示すること
この要件にあるように、各事業場の過半数代表者が同一であることを求められるので、労働組合のない多くの企業は、活用することができませんでした。しかし、2021年3月から要件が緩和され、電子申請により届け出る場合に限り、協定当事者が各事業場の労働者の過半数で組織した労働組合でなくても、本社一括届出を行うことが可能になりました。厚生労働省が、わかりやすいリーフレットを公開しているので参考になると思います。
【時間外労働等協定届の一括届出について】
https://jsite.mhlw.go.jp/tokyo-roudoukyoku/content/contents/001017660.pdf